Aaron Darling

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Jonathan A. EisenProfessor, University of California, Davis (UC Davis), Department of Evolution and EcologyBestätigte E-Mail-Adresse bei ucdavis.edu
Nicole T. PernaProfessor of GeneticsBestätigte E-Mail-Adresse bei wisc.edu
Daniel L. AyresUniversity of MarylandBestätigte E-Mail-Adresse bei umd.edu
Marc A. SuchardProfessor, University of California, Los AngelesBestätigte E-Mail-Adresse bei ucla.edu
John P. HuelsenbeckUniversity of California, BerkeleyBestätigte E-Mail-Adresse bei berkeley.edu
Fredrik RonquistProfessor, Swedish Museum of Natural History, Dept. Bioinformatics and GeneticsBestätigte E-Mail-Adresse bei nrm.se
Sebastian HöhnaEmmy Noether Research Group Leader, Ludwig-Maximilians-Universität, MünchenBestätigte E-Mail-Adresse bei lmu.de
Bret LargetProfessor of Statistics and of Botany, University of WisconsinBestätigte E-Mail-Adresse bei wisc.edu
David CoilUC DavisBestätigte E-Mail-Adresse bei ucdavis.edu
Guillaume JospinBioinformatics engineer, University of California at DavisBestätigte E-Mail-Adresse bei ucdavis.edu
Alexander SczyrbaBielefeld University, Faculty of Technology, Center for Biotechnology (CeBiTec)Bestätigte E-Mail-Adresse bei cebitec.uni-bielefeld.de
Jenna Morgan LangPostdoc in the lab of Jonathan Eisen at UC DavisBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
steven djordjevicProfessorBestätigte E-Mail-Adresse bei uts.edu.au
Liang LiuAssociate Professor of Statistics, UGABestätigte E-Mail-Adresse bei uga.edu
Mark A. RaganInstitute for Molecular Bioscience, The University of QueenslandBestätigte E-Mail-Adresse bei uq.edu.au
Christian RinkeARC Future Fellow, University of QueenslandBestätigte E-Mail-Adresse bei uq.edu.au
Jan-Fang ChengStaff Scientist, Lawrence Berkeley National LaboratoryBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
Xavier DidelotUniversity of WarwickBestätigte E-Mail-Adresse bei warwick.ac.uk
Matthew Z DeMaerePostdoctoral fellow, i3 institute, University of Technology SydneyBestätigte E-Mail-Adresse bei uts.edu.au
Marc T. FacciottiAssociate Professor of Biomedical Engineering, University of California, DavisBestätigte E-Mail-Adresse bei ucdavis.edu

Aaron Darling

Professor of computational (meta)genomics, University of Technology Sydney

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Genome evolution microbial ecology bioinformatics next-generation sequencing sequence analysis


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MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space F Ronquist, M Teslenko, P Van Der Mark, DL Ayres, A Darling, S Höhna, ... Systematic biology 61 (3), 539-542, 2012	14515	2012
Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements ACE Darling, B Mau, FR Blattner, NT Perna Genome research 14 (7), 1394-1403, 2004	3134	2004
progressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement AE Darling, B Mau, NT Perna PloS one 5 (6), e11147, 2010	2873	2010
Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter C Rinke, P Schwientek, A Sczyrba, NN Ivanova, IJ Anderson, JF Cheng, ... Nature 499 (7459), 431-437, 2013	1601	2013
The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity M Srivastava, O Simakov, J Chapman, B Fahey, MEA Gauthier, T Mitros, ... Nature 466 (7307), 720-726, 2010	929	2010
A5-miseq: an updated pipeline to assemble microbial genomes from Illumina MiSeq data D Coil, G Jospin, AE Darling Bioinformatics 31 (4), 587-589, 2015	681	2015
Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods D Earl, K Bradnam, JS John, A Darling, D Lin, J Fass, HOK Yu, V Buffalo, ... Genome research 21 (12), 2224-2241, 2011	543	2011
The design, implementation, and evaluation of mpiBLAST AE Darling, L Carey, WC Feng Los Alamos National Laboratory, 2003	542	2003
PhyloSift: phylogenetic analysis of genomes and metagenomes AE Darling, G Jospin, E Lowe, FA Matsen IV, HM Bik, JA Eisen PeerJ 2, e243, 2014	477*	2014
Reordering contigs of draft genomes using the Mauve aligner AI Rissman, B Mau, BS Biehl, AE Darling, JD Glasner, NT Perna Bioinformatics 25 (16), 2071-2073, 2009	456	2009
Complete genome sequence and comparative genomics of Shigella flexneri serotype 2a strain 2457T J Wei, MB Goldberg, V Burland, MM Venkatesan, W Deng, G Fournier, ... Infection and immunity 71 (5), 2775-2786, 2003	452	2003
BEAGLE: an application programming interface and high-performance computing library for statistical phylogenetics DL Ayres, A Darling, DJ Zwickl, P Beerli, MT Holder, PO Lewis, ... Systematic biology 61 (1), 170-173, 2012	425	2012
An integrated pipeline for de novo assembly of microbial genomes A Tritt, JA Eisen, MT Facciotti, AE Darling PloS one 7 (9), e42304, 2012	421	2012
Critical assessment of metagenome interpretation—a benchmark of metagenomics software A Sczyrba, P Hofmann, P Belmann, D Koslicki, S Janssen, J Dröge, ... Nature methods 14 (11), 1063-1071, 2017	346	2017
Metagenomic sequencing of an in vitro-simulated microbial community JL Morgan, AE Darling, JA Eisen PloS one 5 (4), e10209, 2010	226	2010
Dynamics of genome rearrangement in bacterial populations AE Darling, I Miklós, MA Ragan PLoS Genet 4 (7), e1000128, 2008	224	2008
ASAP, a systematic annotation package for community analysis of genomes JD Glasner, P Liss, G Plunkett III, A Darling, T Prasad, M Rusch, A Byrnes, ... Nucleic Acids Research 31 (1), 147-151, 2003	187	2003
Patterns of gene flow define species of thermophilic Archaea H Cadillo-Quiroz, X Didelot, NL Held, A Herrera, A Darling, ML Reno, ... PLoS Biol 10 (2), e1001265, 2012	186	2012
MetAMOS: a modular and open source metagenomic assembly and analysis pipeline TJ Treangen, S Koren, DD Sommer, B Liu, I Astrovskaya, B Ondov, ... Genome biology 14 (1), 1-20, 2013	171	2013
Inference of homologous recombination in bacteria using whole-genome sequences X Didelot, D Lawson, A Darling, D Falush Genetics 186 (4), 1435-1449, 2010	152	2010

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