Kunihiko Sadakane

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Wing-Kin Sung (宋永健)Professor of Computer Science, National University of SingaporeBestätigte E-Mail-Adresse bei comp.nus.edu.sg
Tak-Wah LamUniversity of Hong KongBestätigte E-Mail-Adresse bei cs.hku.hk
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Hirotaka OnoNagoya University, JapanBestätigte E-Mail-Adresse bei i.nagoya-u.ac.jp
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Hiroki ArimuraGraduate School of Information Science and Technology, Hokkaido University, ProfessorBestätigte E-Mail-Adresse bei ist.hokudai.ac.jp
Dominik KöpplM&D Data Science Center, Tokyo Medical and Dental UniversityBestätigte E-Mail-Adresse bei tu-dortmund.de

Kunihiko Sadakane

Professor at Department of Mathematical Informatics, The University of Tokyo

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Algorithms and Data Structures


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MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph D Li, CM Liu, R Luo, K Sadakane, TW Lam Bioinformatics 31 (10), 1674-1676, 2015	1486	2015
MEGAHIT v1. 0: a fast and scalable metagenome assembler driven by advanced methodologies and community practices D Li, R Luo, CM Liu, CM Leung, HF Ting, K Sadakane, H Yamashita, ... Methods 102, 3-11, 2016	403	2016
Practical entropy-compressed rank/select dictionary D Okanohara, K Sadakane 2007 Proceedings of the Ninth Workshop on Algorithm Engineering and …, 2007	328	2007
Compressed suffix trees with full functionality K Sadakane Theory of Computing Systems 41 (4), 589-607, 2007	310	2007
New text indexing functionalities of the compressed suffix arrays K Sadakane Journal of Algorithms 48 (2), 294-313, 2003	275	2003
Breaking a time-and-space barrier in constructing full-text indices WK Hon, K Sadakane, WK Sung SIAM Journal on Computing 38 (6), 2162-2178, 2009	205	2009
Biological sequence compression algorithms T Matsumoto, K Sadakane, H Imai Genome informatics 11, 43-52, 2000	202	2000
Succinct representations of lcp information and improvements in the compressed suffix arrays K Sadakane SODA 2, 225-232, 2002	193	2002
Succinct data structures for flexible text retrieval systems K Sadakane Journal of discrete Algorithms 5 (1), 12-22, 2007	178	2007
Compressed text databases with efficient query algorithms based on the compressed suffix array K Sadakane International symposium on algorithms and computation, 410-421, 2000	175	2000
Fully functional static and dynamic succinct trees G Navarro, K Sadakane ACM Transactions on Algorithms (TALG) 10 (3), 1-39, 2014	173	2014
Fully-functional succinct trees K Sadakane, G Navarro Proceedings of the twenty-first annual ACM-SIAM symposium on Discrete …, 2010	171	2010
Faster suffix sorting NJ Larsson, K Sadakane Univ., 1999	168	1999
Succinct de Bruijn graphs A Bowe, T Onodera, K Sadakane, T Shibuya International workshop on algorithms in bioinformatics, 225-235, 2012	156	2012
Squeezing succinct data structures into entropy bounds K Sadakane, R Grossi SODA 6, 1230-1239, 2006	138	2006
Succinct trees in practice D Arroyuelo, R Cánovas, G Navarro, K Sadakane 2010 Proceedings of the Twelfth Workshop on Algorithm Engineering and …, 2010	113	2010
A fast algorithm for making suffix arrays and for Burrows-Wheeler transformation K Sadakane Proceedings DCC'98 Data Compression Conference (Cat. No. 98TB100225), 129-138, 1998	108	1998
Compressed indexes for dynamic text collections HL Chan, WK Hon, TW Lam, K Sadakane ACM Transactions on Algorithms (TALG) 3 (2), 21-es, 2007	105	2007
Faster suffix sorting NJ Larsson, K Sadakane Theoretical Computer Science 387 (3), 258-272, 2007	98	2007
Ultra-succinct representation of ordered trees J Jansson, K Sadakane, WK Sung SODA 7, 575-584, 2007	92	2007

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